商传先生早年致力于永乐皇帝的人物研究，并藉此对明初史事多有考订发明，代表成果有《明初著名政治家姚广孝》、《“靖难”之役前的燕王朱棣》、《试论明初专制主义中央集权的社会基础》、《试论“靖难之役”的性质》、《试谈明代民屯的几个问题》、《论解缙》、《关于〈明太祖实录〉三修本的评价问题》、《〈明会典〉及其史料价值》、《〈让氏家谱〉与建文帝出亡考》及《永乐皇帝》。相关论述既富高论于明初专制主义政治制度、明代民屯政策、“靖难”之役性质、建文帝踪迹、元末明初学风等重大政治、经济问题，也涉及明成祖的家庭生活、疾病死因等细节史事的考论。这些成果延续并拓展了由吴晗先生开创的朱元璋及明初时代性特征的经典研究范式，极大丰富了学界对明初历史动向及明代国家制度形成的认知。

自20世纪90年代以来，商传先生着力于继承乃师谢国桢先生晚明、清初社会史研究的传统，坚持马克思主义唯物史观的指导，并广泛引进欧美社会文化史的最新理论成果，将学术着眼点移至明代社会文化演变及晚明社会变迁这一重要课题之上。经过多年耕耘，发表了《晚明文化商品化与社会纵欲思潮》、《明代文化的层间互动》、《试论明代的社会阶级结构》、《从朋党到党社》、《竟陵派与晚明时代》、《明代的社会主导群体》、《从“口喃耳语”到“抵掌剧谈”——晚明专制政治的松动与早期人文主义》、《晚明国家权力异化的历史思考》、《明文化：未完成的近代化转型》、《略论晚明的人文主义与社会转型》等系列论文，出版了《明代文化史》、《走进晚明》等著作。这些研究围绕晚明时代性问题，构建了一整套有关明代社会群体及社会阶级分化、明代思想文化演进脉络、晚明多元化社会现象、晚明中国社会变迁转型的宏富学术体系，容纳政治、经济、社会、思想文化史于一炉，并在纷繁复杂的历史现象中捕捉事实真相、提炼真知灼见。其有关晚明社会“人文主义”、“竞奢”、“群体性事件”现象的深刻分析，基于“国家政权对经济发展的反作用力”而做出的明代社会经济变迁与落后政治制度矛盾导致国家畸形发展的评鉴，所倡导的“不要误读晚明史”之反思，以及明代社会是“近代化转型失败”、“晚明的失败乃是中国落后于世界的起点”的纲领性认识，立体呈现了晚明社会文化变化的多面性，创见性地将中国近代化的开端划定于晚明，同时也将近代中国落伍的原因直接追溯到晚明。所思所论振聋发聩，洞见敏锐，影响巨大。商传先生的“晚明”系列研究，在继承明季党争、奴变研究的基础上，突破了传统的明清“资本主义萌芽”研究理路，尝试与国际学术热点、理论构架对话，又与其早年的明成祖系列研究存有学术旨趣的连贯性，呈现出宏大气魄。这些成果不仅惠及学界，更对我们理解、把握当今中国社会转型，甚至指导我国当下的社会经济建设有着较大的借鉴意义，充分体现了研究者的知识分子家国情怀。此外，商传先生还着力于关注明代边疆土司问题，发表论文《从土官与夷官之别看明代土司的界定》等。